在公爵（钱宁·塔图姆 饰）的率领下，特种部队给恐怖组织“眼镜蛇”以沉重的打击。虽然眼镜蛇指挥官等中心人物落网，但白幽灵（李秉宪 饰）等组织骨干依然逍遥法外，时刻准备向特种部队和全世界展开反扑。在干净利落解决某中东国家的核危机后，特种部队突然遭 到来自美国政府的惨烈打击，公爵等队员英勇殉职，只有拦路虎（道恩·强森 饰）、杰伊小姐（阿德琳妮·帕里奇 饰）和弗林（D·J·科特罗纳 饰）三人侥幸逃生...

西雅图警局的霹雳小组SWAT位于西太平洋战术训练中心。某日接到缉毒署的请求，缉毒署怀疑已经废弃六个月的蒙菲尔货运中心，成为毒贩的贩毒基地，请求霹雳小组支援，将该货运中心的集装箱货车上的货物扣留。霹雳小组经过一番战斗，消灭毒贩喽啰后，发现货车集装箱中绑着一个壮汉。把壮汉带到训练中心后，发现该壮汉是黑帮的重要知情人。黑帮为了截取壮汉手中的芯片，不惜冒充FBI甚至纠集私募军队来攻打训练中心。在损失惨重后，训练中心终于顺利消灭黑帮分子及头目，壮汉也自愿将芯片交给警察，结果发现训练中心的女主任竟然也是黑帮的内线。结

　这一天，生活在这座城市角角落落的几个有着千丝万缕联系的女人陷入了各自麻烦之中：艳星埃莱克特拉在被诊断怀孕时陷入恐慌，不知所措的她却意外和曾患有精神病的多丽丝被困在电梯里；心理咨询师在接待叛逆少女时却意外发现老公和女孩的妈妈正在屋里偷情，而自己只是被当作临时保姆；气愤的咨询师在驾车离家时意外遭遇虎口脱险的霍利和斑比，然后三人便一起去了酒吧；美丽的空姐与身为摇滚明星的乘客在万米高空激情一刻时，由于飞机颠簸摇滚明星意外撞死；涉足AV界不久的新人霍利虽然资历尚浅，但却对自己的事业充满信心，只是她与她的应招女郎女

恐怖组织“眼镜蛇”（Cobra）企图征服世界，美国政府为了保卫国家而组成了特种部队－－G.I.Joe。杜克领导特种部队，为了抵御邪恶的眼镜蛇头领及其部下，发誓不论何时何地要为自由而战，赴汤蹈火，除暴安良以伸张正义。战斗不断升级，对决一触即发。

恐怖组织眼镜蛇在控制住了所有国家的元首之后，他们终于开始要向美国总统动手了，他们的目标就是控制全世界。而特种部队这边则因为出现了叛徒而忙乱不已。因为上一次的交手，谁也没有赢，所以特种部队和眼镜蛇两方面都在寻找下一次袭击对方的机会。只是，这次的战斗对于特种部队来说更是难上加难。因为他们不仅仅要对付眼镜蛇这一伙人，还有自己的叛徒。除此之外，全世界被控制住的政要都开始反对特种部队了