或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。

时为1987年，乔瑟夫·乔斯达与“柱之男”们之间的死战后过了50年……乔瑟夫为了为了帮助“被恶灵附身了”的外孙子·空条承太郎而来到了日本。原来那并不是恶灵而是幽波纹（替身）。替身突然出现的原因在于，从跨越100年的长眠中苏醒过来的吸血鬼·DIO与乔斯达家之间的令人忌讳的因缘。为了拯救受到DIO的诅咒而倒下的承太郎的母亲·荷莉，他们决定要打倒邪恶的化身·DIO，和伙伴们一起踏上了旅程。

在乔斯达家的宿敌·迪奥（DIO）复活的影响下，一位年轻人——空条承太郎，得到了名为“幽波纹（替身）”的能力。为了拯救因迪奥的诅咒而倒下的母亲荷莉，空条承太郎与外祖父·乔瑟夫以及伙伴们，一起为了打倒迪奥而展开旅程。在漫长的旅途当中，承太郎等人一次又一次地击退刺客，最后终于抵达迪奥所在的埃及。然而，为了阻止他们前进，各种怪异可怕的新一波敌影不断逼近——

由“拉格那母星”生存下来的人与其他漂流在宇宙中的人组成“银河漂流舰队”，为了找寻适合生存的星球，派遣出“宇宙少年骑士团”四处寻找。李昂等四人被派到太阳系而发现了地球，无意间将正在“星际大奇航”游戏中的胖虎与小夫带进所搭乘的太空船中离开了地球。哆啦A梦与大雄、静香为了救出他们，乘坐“宇宙救护船”追了下去。但是在途中因为空间跳跃时遭到强力电磁波击中，导致太空船损毁。幸而李昂的太空船亦在相同地方也是因为跳跃装置故障而停滞，哆啦A梦等人因此而进入了李昂的太空船，恰巧与胖虎和小夫相遇。当李昂一行人回到了“银河漂流舰

1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，宇宙中有可能为人类历史上最大强敌的高等生物存在，于是各国政府冻结了国家之间的利害关系，成立了统合军，意图整合世界现有国家组成单一人类政府，并开始重建这艘代号为 ASS-1 的外星太空船。然而，也就是在这个时候，以苏联为首的华约集团，却主张应重视各国之间文化的差异，而反对这项同盟，并组成反统合军同盟，与由西方国家主导的统合军对抗。在2000到2007年之间，双方为取得外星人的遗迹与科技而在世界各地进行激烈的争夺与互角。后世称为（第一次）统合