孩子到底是从哪里来的呢？不同于人们以往的认知，小Baby们竟然是批量生产的？！《娃娃老板》的主角小男孩Timothy本来是爸爸妈妈心中唯一的宝贝，可在一个穿着西装提着公文包的小婴儿的突然出现之后，他一下子就失宠了，爸爸妈妈的心思全都在弟弟身上，让他很是不爽。不过更让他震惊的是，这个弟弟不仅穿得像个老板，还是个来自Baby公司肩负重任心思缜密的优秀员工？！为了赶紧摆脱这个小Baby，让爸爸妈妈重新回到自己的身边，Timothy必须和『弟弟』联手阻止Puppy公司颠覆世界的阴谋......

为了给最疼爱的小老弟菜鸟（克里斯多夫·奈茨 Christopher Knights 配音）庆生，老大（汤姆·麦格拉思 Tom McGrath 配音）带领菜鸟以及好搭档科斯基（克里斯·米勒 Chris Miller 配音）、瑞哥闯入了防守最严密的美国黄金储备中心，只为找到金库尽头仅有的那台销售炸薯条的自动贩卖机。谁知他们刚刚完成任务没多久，便被长着触角的贩卖机吞了进去，随后被运到一个神秘的所在。在全封闭的设施内，四只企鹅见到了伪装成基因遗传科学家的章鱼戴夫（约翰·马尔科维奇 John Malkovich 配

麻烦（大肖恩 配音）是一只被宠坏了的狗狗，平时生活在一个大豪宅中，这一切都是其他狗狗做梦都难以得到的，直到富有的女主人去世后，麻烦阴错阳差离开豪宅变成了一只流浪狗，面对险恶的世界，他不仅需要寻找一个新家，还要设法摆脱已故主人贪婪的亲戚的绑架和阴谋。