东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令所有人瞠目结

由古至现在，斗神士有三个流派。“天流”负责守护被关闭了的异空间“伏魔殿”，“地流”负责讨伐自伏魔殿漏出的妖怪，“神流”则于伏魔殿很深的地方暗中活动，用影子操纵天地。开始了对被留下了的天地的斗神士的攻击。但是根据约一千年前，地流突然袭击天流而令两个派决裂了。 到了现代，天流大体上丧失著作为流派的机能，天流斗神士们分散在各处。地流从新总帅彌加土的指挥下从衰退中复兴，开始对被分散各地的天流斗神士进行袭击。“阴阳大战”终于开始……