八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿与父亲黄麒英、十四姨、徒弟梁宽、鬼脚七一行人南下番禹，欲与十三姨、猪肉荣、牙擦苏汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张云麟、张保仔等人展开连场搏杀……

晚清时期，外来入侵，国家内忧外患，民不聊生。黄飞鸿面对列强的压迫，依旧弘扬中国文化，保护民族信仰，与外来者的打击坚持抗争。在这样一个社会动荡的时期，北拳宗师吴镇南，初入佛山北拳南传，却屡屡碰壁，面对黄飞鸿的盛情款待，吴镇南却不愿接受他的帮助。就在这个时候，洋人趁火打劫，把药品研究用在了吴镇南身上，导致两人矛盾再度激化，面对洋人的利用和威胁，吴镇南不得不和黄飞鸿展开激烈的一战。被洋人雇佣来协助研究项目的女孩路小月在秘密研究项目中也慢慢了解到洋人的残暴实验，渐渐地看清了洋人计划，危险一触即发。。。

鸦片战争前夕，大侠黄飞鸿（王珏 饰）协助钦差大人林则徐（鲍方 饰）查禁鸦片。十二贝勒（熊欣欣 饰）勾结烟商决定亲自来广州对付黄林二人。广东富商苏仁（吴孟达 饰）的儿子苏灿（甄子丹 饰）武功了得，苏灿的女友戴懿德（袁洁莹 饰）刚从国外回国，遭到火莲教袭击，苏灿为救女友用巨型炮仗炸毁了太平鼓还伤及了无辜。黄飞鸿得知此事后找到苏灿理论，苏灿对黄不满矛盾由此而生。十二贝勒知道两人不和趁机挑拨，想利用苏灿对付黄飞鸿。暗恋苏仁的小姨峭牙珍（陈淑兰 饰）因为误会率领众人去破坏戴懿德的妇女会，与此同时戴发现了十二贝勒的阴

鸦片战争前夕，大侠黄飞鸿协助钦差大人林则徐查禁鸦片。十二贝勒勾结烟商决定亲自来广州对付黄林二人。广东富商苏仁的儿子苏灿武功了得，苏灿的女友戴懿德刚从国外回国，遭到火莲教袭击，苏灿为救女友用巨型炮仗炸毁了太平鼓还伤及了无辜。黄飞鸿得知此事后找到苏灿理论，苏灿对黄不满矛盾由此而生。十二贝勒知道两人不和趁机挑拨，想利用苏灿对付黄飞鸿...

欢喜老街遇到了拆迁改造，老街的保卫长黄飞鸿带着街坊们抵御非法改造，与日升集团的老板林日升发生冲突，黄飞鸿的儿子黄博是一个懦弱胆小的裁缝，他是老街上的一个普通青年，却有着一个小小的理想，那就是当一个作家，能够走出老街，展现自己的价值，在冲突发生后，林日升的助理史发来找发小黄博，希望能够帮忙说服黄飞鸿和街坊们放弃抵抗，配合拆迁，并且许诺给黄博优厚的待遇，黄博配合史发后发现被骗，又不敢去找林日升和史发理论，所以逃避在虚拟的书里，书里的黄博拥有变身的特异能力，变身林日升，解决拆迁问题，但是却因巧合而犯法，虽然解决

武师陈厚德（元华 饰）远赴美国开设宝芝林，时常召唤国内的徒弟阿杰（李连杰 饰）来美国帮衬，但阿杰担忧在美的居留问题，迟迟未到。陈厚德曾经收下一名美国弟子尊尼（杰瑞·特林伯 饰），尊尼学成后却挑战师傅，意欲扬名立万扩张自己的武馆，陈厚德被尊尼打成重伤，宝芝林也被砸烂，幸好有少女安娜路过，将陈厚德救走。

听信弟子梁宽（梁家仁 饰）及牙擦苏（张卫健 饰），黄飞鸿（李连杰 饰）竟把宝芝林搬到了妓院旁边。但这令他的众弟子喜上眉梢。妓院老板黄狮虎（陈百祥 饰）将黄飞鸿视作偶像，一心想拜他为师，却不被理会，其妹妹（袁咏仪 饰）等妓女更是被他敬而远之。清廷命官雷一笑（徐忠信 饰）实是义和团余孽，他勾结上级官员及能仁寺花和尚掳掠女性，准备将她们贩卖到南洋...

黄飞鸿（李连杰 饰），十三姨（关之琳 饰）和鬼脚七（熊欣欣 饰）三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏（陈国邦 饰）在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利，不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。

黄飞鸿，十三姨和鬼脚七三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利，不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。十三姨和鬼脚七被人救起送至宝芝林，牙擦苏得见二人大喜过望，为这华工颇受镇长欺侮的小镇生活增添了生机。比利因出众的枪法受雇为助理治安官，对华人颇有好感的比利凭一...