四只生活在纽约下水道里的小乌龟因为有毒的放射性物质的污染，开始向他们接触最多的物种--人类“进化”，并在鼠师傅斯普林特的谆谆教导下，变成了四个最可爱、最善良、最勇敢的绿壳英雄！第一次走出秘密栖身的下水道，这些忍者兄弟就将面对一个奇妙又危机四伏的世界——大都市纽约。敌人比以往更强大，忍者龟们对比萨饼的热爱有增无减，他们的忍术日臻完美，搞笑功力也更有长进！

小学生赵新新闹肚子痛。怪老头说他不讲卫生，肚子生了蛔虫，于是硬叫他吃下一只活的小鸟。小鸟到了肚子里不停地叫着，赵新新吓得要死。结果毛病治好了，小赵也受到教育。

在某个朔夜，犬夜叉一行和妖怪奈落展开最终决战。经过一番艰苦缠斗，他们终于消灭这个邪恶的妖怪，漫长的征战终于告一段落。戈薇短暂回到现代休整，随后再次和犬夜叉、七宝踏上寻找四魂玉碎片的旅程；法师弥勒的风穴消失，他返回寺庙拜祭父亲；珊瑚则和云母四处寻找流浪的弟弟琥珀。　　安宁的日子并未持续太久，获得自由的神乐在神无的的指引下，见到被封禁在生命之镜中的神久夜。五十年前，在神久夜的力量下，大地陷入永久的月圆之夜。弥勒的父亲弥苞法师将其封禁。为了解开禁锢，神久夜授意神乐寻找龙头之玉、蓬莱玉枝、佛之石钵、火鼠裘、燕之子