明朝末年，东厂督公魏忠贤权倾朝野，自号“九千岁”，草菅天下苍生万民性命。御林军总教头周淮安与侠女邱莫言携手作战，还暗地与早有匡扶朝纲的信王朱由检订下合作之盟，伺机对付魏忠贤，魏获悉机密，欲先对付信王，信王不得已只好施计出走皇宫，与周、邱众侠士相约于大漠龙门客栈会面，另图反击大计。

该剧讲述了皇妃玉蓉掌握了魏忠贤谋反的罪证，不幸被察觉，魏忠贤欲加之罪，反诬玉蓉皇妃谋反，当时株连无数忠良。玉蓉皇妃带着一岁的女儿逃到外地，隐姓埋名。十八年后，京城传出当年的皇妃和公主又在西域甘州出现，魏忠贤下了绝杀令，派大将军李元韬前去西域，查找皇妃，搜出皇妃手里当年魏忠贤谋反的证据。

徐克将胡金铨的经典武侠片《龙门客栈》加以改写，搬到大陆的沙漠外景实地拍摄，并由李惠民担任导演。剧情主要架构仍是描写侠士周淮安伙同一群绿林好汉救助忠良之后，跟大太监曹少钦和东厂高手在龙门客栈发生尔虞我诈的遭遇战。新版本最大的特色除了大漠风沙的慑人映象之外，便是对三位主角的个性作了新注释。梁家辉与女扮男装的林青霞被塑造成有一段爱情故事的侠士红事，新增加的黑店老板娘张曼玉更是风骚入骨，抢尽风头，形成精彩武打之外有趣的三角感情矛盾。

1940年3月，汪伪组建由前国民党军官毕忠良担任处长的“特别行动处”为虎作伥，一直潜伏在他身边、代号“麻雀”的中共党员陈深，与组织暂时失去联系。置身险境中，陈深信仰坚定，冒死营救上线及抗日志士，却遭遇重重陷阱，危机不断。智计过人的陈深能否最终在日本、汪伪政府等各派势力之间的微妙缝隙中生存，最终挫败了日本侵略者的阴谋？

动作是本部影片最大的亮点。刘忠良的腿功可以与“鹤形刁手螳螂腿”里的表现比肩，王将与刘忠良合并的“击石双生拳”、“杂家高手”高飞的“茅山杂家拳”等打斗场面占了全片的二分之一，使影片达到高潮。

影片根据相思树真实故事改编创作。1984年初夏，时任连长李相恩带队巡逻途中在哈拉哈河突遇险情，李相恩为救战友英勇牺牲。妻子郭凤荣为寄托哀思，在哨所旁种下一棵樟子松。2010年妻子郭凤荣因病去世前，特意嘱托儿子李心要把自己的骨灰撒在哈拉哈河，继续陪伴丈夫守好祖国北疆。