上古时期，邪魔横行，混沌之种横空出世，拯救苍生于水火。祸乱平息后，混沌之种便冰封于昆仑雪山上，等待被唤醒的时刻。平昌城王家二公子王昊，因为无法修炼从小备受欺辱。与他定下婚约的苏沐雨，为了夺回婚书，派自己弟弟苏煌将王昊骗到一处悬崖边，王昊在绝望之中无意与混沌种子产生共鸣，并在混沌种子的帮助下，重塑了灵种，就此开启了修行之路。次日，管家王福故意寻衅滋事，已经踏入神力一重境的王昊爆发强力将他击败。

在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？

经历过圣石之种事件半年后的高町奈叶与菲特·泰斯特罗莎两人则以朋友方式重逢，但随后卷入了一场袭击奈叶的大战。敌人目的正是以非法手段夺取魔导师的魔力资质，从而引发了时空管理局的重视和调查。

喵星将面临着毁灭的危机，首领喵森在地球向喵星发出了可移民讯号。当时探索船中携带着大量我族的生命之种，但由于时间错位不可以在这个星球上孵化，于是他们开始等待，等待蓝星生命进化到与喵次元时间重叠的那一刻，占领这个星球。喵森在寻找可以变成人形的猫，将他们全部感染，再把基因散播到整个蓝星。然而小鹿、黄豆、纱纱、阿岚、店长最后找到了喵森并打败他阻止了病毒感染。

夏目偶然与同学结城重逢，回忆起了被妖怪缠身的记忆。此时，夏目认识了津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子一同过着平稳的生活。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着妖怪。寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个……

斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。